Buddy Daddies est centré sur une famille de trois personnes qui n'ont aucun lien de parenté : Kazuki Kurusu et Rei Suwa, des assassins qui vivent sous le même toit ; et Miri, la fille de la cible d'assassinat de Kazuki et Rei qui a fini par être récupérée par Kazuki, qu'elle pense être son père biologique.